ERF ha analitzat l’impacte sobre el canvi climàtic i ambiental associat a les rutes interinsulars, i ha proposat mesures per tal de reduir-lo, fent especial èmfasi al trajecte entre Eivissa i Formentera per la seva importància quant a freqüències i nombre de persones usuàries. A més, la ruta travessa l’àmbit marí protegit dels Freus, al Parc Natural de Ses Salines d’Eivissa i Formentera, on s’estén una comunitat de més de 8 km de longitud de posidònia oceànica de gran importància ecològica.
